電子帳簿保存法対応の会計ソフトおすすめ比較｜中小企業の選び方【2026年】

「電子帳簿保存法に対応した会計ソフトを選びたいが、何を確認すればいいのかわからない」と悩んでいる中小企業の経営者・経理担当者は多いのではないでしょうか。

結論から言うと、freee・マネーフォワード・弥生の主要3社はいずれも電子帳簿保存法に対応済みです。
確認すべきは「スキャナ保存」「電子取引データ保存」「JIIMA認証」の3点と、自社の経理体制・予算に合うかどうか。
この記事では、電子帳簿保存法対応の会計ソフトの選び方を中小企業向けに比較して解説します。

なお、インボイス制度への対応を軸にした会計ソフト選びは、別記事「インボイス対応の会計ソフトおすすめ」で解説しています。
本記事は「受け取った書類・データの保存（電子帳簿保存法）」、インボイス記事は「適格請求書の発行・控除計算」の観点なので、あわせて読むと会計ソフト選びの全体像がつかめます。

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電子帳簿保存法対応の会計ソフトに必要な3つの機能

一口に「電帳法対応」といっても、ソフトによって対応範囲はさまざまです。
中小企業がソフト選びで確認すべき機能は、次の3つに絞られます。

1. スキャナ保存（紙の請求書・領収書の電子化）

取引先から紙で受け取った請求書や領収書を、スキャナやスマホ撮影で電子化して保存する仕組みです。
スキャナ保存の利用は義務ではなく任意ですが、対応ソフトを使えば要件を満たしたうえで紙の原本を減らし、ペーパーレス化を進められます。
ファイリングや保管スペースのコスト削減にも直結します。
解像度など細かい技術要件はソフト側が担保してくれるため、対応済みのソフトを選ぶのが近道です。

2. 電子取引データ保存（2024年1月から完全義務化）

メールで受け取ったPDF請求書、ECサイトからダウンロードした領収書などの「電子取引データ」は、2024年1月からすべての事業者で電子データのままの保存が義務になっています。
保存にあたっては、改ざん防止の措置に加え、「取引年月日・取引金額・取引先」の3項目で検索できる状態にする検索要件を満たす必要があります。
手作業のフォルダ管理では抜け漏れが起きやすいため、ソフト側で自動的に要件を満たせるかが最重要ポイントです。

3. タイムスタンプ要件とJIIMA認証

電子データの改ざん防止措置としては、タイムスタンプの付与、または訂正・削除の履歴が残る（もしくは訂正・削除ができない）システムでの保存などが認められています。
ここで目印になるのがJIIMA認証（公益社団法人 日本文書情報マネジメント協会による認証）です。
JIIMA認証を取得したソフトなら、電子帳簿保存法の法的要件を満たしていることが第三者機関の審査で確認済みなので、自社で要件を1つずつチェックする手間を省けます。

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freee・マネーフォワード・弥生会計の電帳法対応を比較

主要3社の対応状況と法人向け料金を比較表にまとめました。
3社とも電子取引データ保存・スキャナ保存に対応し、JIIMA認証も取得しています。
差がつくのは「どの機能で対応するか」と「コスト」です。

項目	freee会計	マネーフォワード クラウド会計	弥生会計 Next
電子取引データ保存	○（ファイルボックス）	○（クラウドBox）	○（スマート証憑管理）
スキャナ保存	○	○	○
JIIMA認証	○	○	○
法人向け料金（年払い月額換算・税抜）	5,480円〜	4,480円〜	2,900円〜
年額換算（税抜）	65,760円〜	53,760円〜	34,800円〜
初期費用	0円	0円	0円

※料金は2026年7月時点の法人向けプランです。
従量課金やキャンペーン、認証の対象サービス範囲は変更される場合があるため、最新情報は各公式サイトでご確認ください。

なお、弥生の法人向けクラウド会計は従来の「弥生会計 オンライン」が新規申し込みを終了しており、現在の新規契約は「弥生会計 Next」が受け皿になっています。

電帳法以外の機能や操作性まで含めた3社の総合比較は、別記事「freee・マネーフォワード・弥生を徹底比較」をご覧ください。

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freeeがおすすめな会社

freee会計は、証憑の保存から仕訳までを1つの画面で完結できる「ファイルボックス」が電帳法対応の中心です。
経理の専任担当を置けない中小企業に向いています。

freee会計は、電帳法のスキャナ保存・電子取引の両方でJIIMA認証を取得しています。
受け取った請求書・領収書を「ファイルボックス」にアップロードするだけで、電帳法に沿った形式での保存から仕訳の下書き作成までつながるのが強みです。
スマホ撮影からのアップロードにも対応しており、紙とデータが混在する現場でも運用が崩れにくい設計です。

法人向けはスタータープランが年払い月額換算5,480円（税抜）〜で、年額換算65,760円（税抜）〜、初期費用は0円です（※一部機能は従量課金。
最新料金は公式サイトでご確認ください）。

こんな会社におすすめです。

• 経理専任がおらず、少人数でバックオフィスを回している
• 簿記の知識が少なく、画面の案内に沿って処理を進めたい
• 証憑の保存から仕訳までを1つのソフトで完結させたい

導入前に知っておくべき弱点は、別記事「freeeのデメリット・弱点まとめ」で解説しています。

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マネーフォワードがおすすめな会社

マネーフォワード クラウドは、証憑保存サービス「クラウドBox」を軸に、会計・経費・請求書などバックオフィス全体で電帳法対応できるのが特徴です。
取引量の多い会社に向いています。

マネーフォワード クラウドは、会計をはじめ複数のサービスでJIIMA認証を取得しています。
電帳法対応の中心は証憑保存サービス「マネーフォワード クラウドBox」で、メール添付のPDFやスキャンした領収書を一元保存し、検索要件を満たす形で管理できます。
銀行・クレジットカード連携による自動仕訳に強く、経費精算・請求書発行などシリーズ全体で電帳法に対応できるため、取引件数が多い企業ほど効率化の効果が大きくなります。

法人向けはスモールビジネスプランが年払い月額換算4,480円（税抜・年額換算53,760円）、部門管理などを使えるビジネスプランが6,480円（税抜・年額換算77,760円）で、初期費用は0円です。

こんな会社におすすめです。

• 銀行口座・クレジットカードの取引件数が多い
• 経費精算や請求書発行までまとめて電帳法対応したい
• 従業員数十名規模で、部門管理などの管理機能も使いたい

法人利用のリアルな評価は、別記事「マネーフォワード クラウドの法人向け評判・口コミ」でも紹介しています。

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弥生会計がおすすめな会社

弥生会計は、証憑管理サービス「スマート証憑管理」で電帳法に対応しつつ、法人向けクラウドの料金を主要3社で最も抑えられるのが魅力です。
コスト重視の中小企業に向いています。

弥生の電帳法対応の中心は、請求書・領収書などの証憑をクラウドで一元管理する「スマート証憑管理」です。
JIIMAの電子取引ソフト法的要件認証などを取得しており、アップロード時にOCRが文字情報を自動で読み取り、会計への仕訳連携まで対応します。
法人向けの「弥生会計 Next」では、電子帳簿保存・検索の機能が全プランに含まれています。

料金はエントリープランが年払い月額換算2,900円（税抜・年額換算34,800円）、経費精算まで使えるベーシックプランが4,200円（税抜・年額換算50,400円）で、初期費用は0円。主要3社の中では最も低コストで電帳法対応を始められます。

こんな会社におすすめです。

• 会計ソフトのコストをできるだけ抑えたい
• 顧問税理士・会計事務所が弥生シリーズを使っている
• 老舗ベンダーの実績とサポート体制を重視したい

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対応ソフトを入れるだけでは終わらない運用の注意点

電帳法対応は、ソフトを契約したら終わりではありません。
実務では「社内の運用ルール」まで整えて初めて要件を満たせます。
導入時に次の3点をセットで進めましょう。

保存すべきデータはソフトの外にもある

電子取引データの保存義務は、経理担当に届く請求書だけが対象ではありません。営業担当がメールで受け取った見積書PDFや、各部署が使うECサイト・サブスクの領収書も対象です。
「電子で受け取った取引書類は必ず指定の保存先に集める」という全社ルールを決めて周知しないと、経理の知らないところで保存漏れが発生します。

検索要件を満たす入力・確認の習慣づけ

取引年月日・取引金額・取引先の3項目で検索できる状態が求められるため、アップロード時の読み取り結果をだれが確認・修正するのかを決めておきましょう。
OCRの読み取り結果をノーチェックで放置すると、検索要件を満たせないデータがたまっていきます。
紙の請求書・領収書のデータ化が多い会社は、AI-OCRで請求書・領収書を自動処理する方法もあわせて検討すると、入力・確認の負担を大きく減らせます。

細かい要件判断は国税庁・顧問税理士に確認する

事務処理規程の要否や、スキャナ保存後にいつ原本を破棄してよいかなど、制度の細かい判断は自社だけで結論を出さないのが安全です。国税庁が公開している電子帳簿保存法の公式情報（一問一答など）を確認し、迷ったら顧問税理士に相談しましょう。
本記事はあくまでツール選定の観点での解説です。

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まとめ：電子帳簿保存法対応の会計ソフト選び

最後に、この記事のポイントを整理します。

確認項目	ポイント
必要な機能	スキャナ保存・電子取引データ保存・JIIMA認証の3点を確認
3社の対応	freee・マネーフォワード・弥生会計とも対応済み。差は操作性とコスト
ソフト選び	少人数経理ならfreee、連携・自動化重視ならマネーフォワード、コスト重視なら弥生会計
運用	全社の保存ルールと検索要件を満たす入力運用までセットで整備
制度の詳細	国税庁の公式情報・顧問税理士に確認

主要3社はいずれも電帳法対応済みなので、「自社の経理体制と予算に合うか」で選べば大きな失敗はありません。
まずは無料お試し期間で、請求書を受け取ってから保存・仕訳までの流れを実際に動かして確認しましょう。

また、会計ソフト選びでは電子帳簿保存法とインボイス制度をセットで検討するのが効率的です。
適格請求書の発行機能や2026年10月の経過措置の注意点は、別記事「インボイス対応の会計ソフトおすすめ」で解説しています。

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