インボイス対応の会計ソフトおすすめ｜中小企業の選び方と2026年経過措置の注意点

インボイス制度が始まり、「適格請求書をちゃんと発行・保存できているか」「会計ソフトはインボイス対応のものを使えているか」と不安に感じている中小企業の担当者は多いのではないでしょうか。

結論から言うと、freee・マネーフォワード・弥生といった主要クラウド会計ソフトはいずれもインボイス制度に対応済みです。
適格請求書の発行・保存、電子帳簿保存法への対応も標準で備えています。
問題は「どれを選ぶか」と「2026年10月の経過措置の変更を見落とさないこと」です。

この記事では、インボイス対応の会計ソフトを中小企業向けに比較し、選び方と注意点を解説します。

ポイント

この記事でわかること：① インボイス対応で会計ソフトが備えるべき機能、② おすすめソフトの選び方、③ 2026年10月の経過措置（80%→50%）で注意すべきこと

補足

本記事の制度・料金情報は2026年5月時点の情報をもとにしています。税制や各ソフトの仕様は変更される場合があるため、適用にあたっては顧問税理士や各公式サイト・国税庁の最新情報をご確認ください。

インボイス対応の会計ソフトに必要な3つの機能

「インボイス対応」とうたっていても、実務で必要な機能は次の3つです。
導入前に必ず確認しましょう。

登録番号・税率ごとの区分・消費税額を記載した適格請求書を、正しい形式で発行できることが基本です。
主要クラウド会計ソフトは請求書作成機能でこれに対応しています。

取引先から受け取った適格請求書を、電子帳簿保存法に沿った形式で保存し、仕入税額控除に必要な記録を残せること。
電子取引データの保存要件への対応も重要です。

複数税率（10%・8%）の区分や、免税事業者との取引での控除割合を自動で計算してくれること。
手計算はミスのもとなので、自動化されているかを確認します。

注意

「請求書が作れる」だけでなく、「受け取った請求書の保存・控除計算まで対応しているか」まで確認しましょう。ここが抜けると、後で経理がやり直しになります。

主要ソフトはいずれも対応済みですが、中小企業の使い方に合わせた選び方を紹介します。

ソフト	向いている企業	インボイス対応	AI機能
freee	簿記が苦手・経理担当が少ない	対応済み	AIアシスタント搭載
マネーフォワード	連携・自動化を重視	対応済み	AIアシスタント搭載
弥生	コスト重視・実績重視	対応済み	順次対応

freeeは、簿記の知識が少ない担当者でも使える操作性が強みです。
請求書の発行から保存、仕訳まで画面の案内に沿って進められ、インボイス制度の複雑な計算を意識せずに処理できます。
2026年は仕訳の疑問にAIが答える「AIアシスタント」機能も利用でき、経理に不慣れな中小企業の負担を減らせます。

経理の専任担当がいない、または1人で経理を回している中小企業に向いています。
freeeのデメリットは別記事「freeeの中小企業向けデメリット」もご確認ください。

マネーフォワードクラウドは、銀行・カード連携と請求書・経費精算などバックオフィス全体の自動化に強みがあります。
請求書発行・受領・会計をまとめて管理でき、取引量が多い企業ほど効率化のメリットが出ます。
こちらもAIアシスタント機能を搭載しています。

複数の口座を使い、請求書のやり取りが多い中小企業に向いています。
法人での評判は別記事「マネーフォワード法人プランの評判」でも紹介しています。

インボイス制度には経過措置があり、免税事業者からの仕入れについて、2026年10月から仕入税額控除の割合が80%から50%に変わります。

つまり、免税事業者との取引が多い企業は、2026年10月以降、控除できる消費税額が減り、実質的な負担が増える可能性があります。
主要なクラウド会計ソフトは、この変更に自動アップデートで対応する予定ですが、自社の取引先に免税事業者が多い場合は、影響額を事前に把握しておくことが大切です。

ポイント

「取引先に免税事業者がどれくらいいるか」を一度棚卸ししておくと、2026年10月の負担増にあわてず対応できます。判断に迷う場合は顧問税理士に相談しましょう。

最後に、会計ソフト導入をスムーズに進めるコツです。

会計ソフトの導入にはIT導入補助金が使える場合があります。
詳しくは別記事「IT導入補助金の対象AIツール」もあわせてご覧ください。

インボイス対応の会計ソフト選びのポイントを整理します。

確認項目	ポイント
必要機能	適格請求書の発行・受領保存・控除計算の自動化
ソフト選び	簿記が苦手ならfreee、連携重視ならマネーフォワード
2026年10月	経過措置で控除割合が80%→50%に。免税事業者との取引を確認
導入のコツ	無料期間で試し、IT導入補助金も検討

ポイント

主要ソフトはいずれもインボイス対応済みなので、「自社の経理体制に合うか」で選べば失敗しません。まずは無料期間で請求書まわりを実際に動かして確認しましょう。

インボイス制度は経過措置の変更も控えており、対応を後回しにすると経理の負担が一気に増えます。
早めに自社に合った会計ソフトを選び、制度変更にも備えておきましょう。
会計ソフト全体の比較は「個人事業主向けクラウド会計ソフト比較」もあわせてご覧ください。